La microscopía óptica es una herramienta sumamente útil para la obtención de imágenes de seccionamientos ópticos principalmente en muestras biológicas, ya sea fijadas o in vivo, para poder describir y analizar fenómenos de superficie celular o intracelulares, como así también para escribir interacciones intercelulares.

El área de microscopía del CIBICI cuenta con tres microscopios ópticos de EPIFLUORESCENCIA, dos de ellos convencionales y el tercero es un microscopio de fluorescencia super-automatizado (HighContent). 

Además el CIBICI es miembro fundador del Centro de Microscopía Óptica y Confocal de Avanzada, CEMINCO, donde disponemos de diferentes microscopios confocales y otros microscopios ópticos tales como Microscopio DSU / cellTIRF (Olympus), Pinzas ópticas y  Microscopio de ángulo de Brewster.

 El CEMINCO funciona como una unidad central compartida con el Instituto Mercedes y Martín Ferreyra (IMMF-CONICET) y el Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba (CIQUIBIC-CONICET), destinada al desarrollo de programas de investigación en las distintas áreas comprendidas dentro de las Ciencias Químicas y Biológicas.

El CEMINCO brinda la posibilidad de utilizar microscopios ópticos de fluorescencia de alta tecnología tales como confocales, disco giratorio y TIRF para la obtención de imágenes de seccionamientos ópticos principalmente en muestras biológicas ya sea fijadas o in vivo.

Se pueden adquirir imágenes en un amplio espectro de longitudes de onda desde 405 hasta 633 nm; en las variables x, y, z, t. Realizar técnicas como FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching), FLIP (Fluorescence Loss in Photobleaching), FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging), Deconvolución Espectral, TIRF (microscopia de campo evanescente) y DSU (Disk Scanning Unit) que permite el estudio de eventos celulares en vivo a alta resolución temporal.

Los microscopios de EPIFLUORESCENCIA se encuentran en el CIBICI, y son:

• Microscopio NiKON TE2000U, equipado con una cámara NIKON a color, y dotado con el software NIS-Elements.
• Microscopio Leica DMI 8, con cámara Leica monocromática, con platina motorizada y con el software Las-X.
• InCell Analyzer 2500 HS, General Electric

Estos microscopios permiten la observación y adquisición de fotos a diferentes aumentos de muestras minerales o biológicas (vivas a fijadas), tanto en campo claro como fluorescencia. El software también permite la toma de filmaciones en el tiempo.

Infraestructura

En el CIBICI:

• Microscopio Nikon Eclipse TE-2000U, con cámara color, para trabajo en campo claro y fluorescencia (iluminación con lámpara de mercurio). Los filtros para fluorescencia de los que se dispone son: 1 (Violeta) Excitación: 330-380 nm, Mirror: 400 nm, Emisión: LP 420nm , 2 (Verde) Excitación: 450-490 nm, Mirror: 500 nm, Emisión: LP 515nm, 3 (Rojo)- Excitación: 540-580 nm, Mirror: 595 nm, Emisión: BP 600-660 nm. Con software Nis-Elements para la adquisición de fotos color.
• Microscopio invertido digital Leica, modelo DMI 8, con platina motorizada, para trabajos en campo claro y fluorescencia, con óptica corregida a infinito  (objetivos de 10x, 20x, y 63x secos, 100x inmersión en aceite). Sistema de iluminación de luz transmitida con iluminación LED, controladora CTR avanzada, iluminador de fluorescencia EL6000, cámara digital Leica DFC345 FX. Con software Leica LAS X CORE, S-CONTROL, SW Autofoco,  adquisición multicanal (campo claro, violeta, verde, rojo y rojo lejano), time-lapse, 3D visualización básica y módulo de Mark and Find. 
• Microscopio In Cell, de la marca Cytiva (ex General Electric), ahora con el soporte de Molecular Devices. IN Cell 2500HS es un microscopio  de wide-field totalmente automatizado, que combinado con el análisis que realiza el software InCarta,  permite a los usuarios en todos los niveles de experiencia realizar análisis potentes como parte de un análisis de  alto contenido (HCA, High Content Analysis). Con óptica corregida a infinito (objetivos de 4x, 10x, 40x, y 60x), multichannel acquisition (campo claro, violeta, verde, rojo y rojo lejano), time-lapse, Z-scan, módulo de Liquid handling, spheroid finder, módulo de incubación con temperatura y CO2 para células vivas, adaptable a múltiples soportes (placas multiwell de cualquier tamaño, portaobjetos, cápsulas de petri de diferentes tamaños, labtek, etc)

En Ceminco: 

• Microscopios confocales: FV300 (Olympus), equipado con contraste de interferencia diferencial (DIC), FV1000 (Olympus), equipado con contraste de interferencia diferencial (DIC), FV1200 (Olympus), equipado con contraste de interferencia diferencial (DIC), LSM 800 (Carl Zeiss)
• Microscopio DSU / cellTIRF (Olympus), Microscopio de disco giratorio equipado con módulo automático de iluminación multilínea TIRF (CellTIRF), 
• Pinzas ópticas Microscopio “home made” basado en el modelo Axiovert 200M (Carl Zeiss)
• Microscopio de ángulo de Brewster Accurion Nanofilm EP3 Imaging Ellipsometer (Nanofilm Technology).